Cuando llegó la expedición de Juan de Garay las tierras fueron repartidas y a Rodrigo Ortiz de Zárate le dieron la manzana donde hoy está la iglesia, en sus orígenes había una chacra. Con el correr de los años pasó de mano en manos hasta que finalmente, estando en manos de Fernando Miguel de Valdez e Inclan donó el terreno para poder edificar la iglesia y el convento por una promesa que había realizado.
La iglesia empezó a construirse en el año 1716 gracias a donaciones de las familias acaudaladas de la zona. La iglesia del Pilar se inauguró en octubre de 1732 por medio de una ceremonia a la cual asistieron autoridades de la ciudad. Años más tarde (1830) fue creada la Parroquia, hecho que quedó registrado en un mosaico que se encuentra en el atrio, a la derecha del templo.
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El lugar fue declarado Monumento Histórico Nacional en el año 1942.
La iglesia se caracteriza por tener una fachada asimétrica que tiene un doble juego de pilastra coronada por cinco pináculos. A la izquierda de la edificación se eleva un campanario con su base cuadrada, en su extremo tiene una bola de bronce con una cruz de hierro y una veleta, cuando la iglesia se edificó esta valeta era el punto más alto de la ciudad. Cuando miramos a la derecha de la iglesia hay un campanario abierto con una arcada doble que termina en tres pináculos. La iglesia del pilar tiene una sola nave con siete altares.
Esta basílica tiene dentro de su edificación un nartex, este lugar era destinado a las personas que hacían penitencias y a los no bautizados, era un pequeño espacio que se ubicaba al pasar la primera puerta de madera.
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